Program Studi (Prodi) Pendidikan IPA berdiri sejak tanggal 27 Agustus 2012, sesuai SK DIKTI  No.: 1096/E/T/2012 dan SK izin operasional 10 September 2013 No: 379/E/O/2013. Prodi Pendidikan IPA di bawah koordinasi langsung Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Negeri Makassar. Lahirnya program studi ini dipandang perlu mengingat Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP) 2006 yang berlaku saat itu telah memunculkan mata pelajaran baru untuk siswa SMP, yaitu IPA terpadu, bukan IPA yang terpisah-pisah sebagai mata pelajaran Fisika, Biologi, dan Kimia.

Kurikulum IPA terpadu di SMP diajarkan secara menyeluruh dan saling terkait satu sama lain sebagaimana dalam UU Republik Indonesia No 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Permendiknas No 19 tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan (SNP), dan Permendiknas No 22 tahun 2006 tentang Standar Isi untuk satuan pendidikan dasar dan menengah.

Namun karena guru yang mengajar mata pelajaran IPA di SMP merupakan guru lulusan pendidikan Fisika, Biologi, dan Kimia yang terpisah, maka dalam prakteknya pembelajaran IPA Terpadu di SMP yang dimaksud dalam kurikulum 2006 masih mengalami banyak kendala, yaitu rendahnya kompetensi guru IPA dalam mengajarkan IPA Terpadu. Hal inilah yang mendorong para petinggi di Fakultas MIPA UNM membuka Prod iPendidikan IPA yang bertujuan untuk menghasilkan calon guru IPA Terpadu yang akan mengajar pada jenjang Sekolah Menengah Pertama.